Орбитальная обсерватория Хершель разрешила загадку появления воды в верхних слоях атмосферы Юпитера. Она была занесена туда кометой Шумейкера-Леви 9, которая в июле 1994 года в виде 21 обломка врезалась в планету. Телескоп Хершель был запущен на следующий год, но также внес свой вклад в изучение этого события и его последствий, окончательно подтвердив основную (и практически единственную, но не доказанную) гипотезу появления воды. До этого можно было лишь утверждать внешний источник воды, так как жидкость самого Юпитера, испарившись, не могла поднять в верхние слои атмосферы. Для этого ей пришлось бы пройти через холодный слой в атмосфере, отделяющий стратосферу от видимого облачного покрова тропосферы. Спектральный анализ Хершеля, чувствительный в инфракрасной области и проникающий внутрь облачного покрова, позволил составить карту распределения воды. В южном полушарии ее в 2-3 раза больше, причем особенно много воды в местах падения обломков кометы. Всего около 95% всей воды в верхних слоях атмосферы приходится на долю единственного столкновения. Остальное может объясняться загрязнением мелкими межпланетными частичками пыли и выбросами Энцелада.